⑴谷粒饱满度差。杂交稻种不饱满粒比例大，一般占20%左右。杂交水稻在制种时，大田授粉时间长达10-15天。先授粉结实的种先成熟，谷粒饱满比重大，浸种催芽时发芽势强，发芽又快又整齐，成秧率高；后授粉结实的种子在收获时往往只是黄熟，谷粒不饱满，催芽时根芽长短不一。尤其在早春气温不高的情况下，许多成熟度低的种子，抗逆性弱而难以成苗。
⑵裂颖种子多。裂颖种子多是由不育系的特性决定的。一般占10-20%左右。制种时不育系有强势花与弱势花的不同，强势花产生的种子生长势强，颖壳闭合度好，浸种过程中吸水慢，病菌入侵难；而弱势花产生的种子颖壳闭合度差，浸种过程中吸水快，易受病菌侵染，胚乳养分易外渗，使种子发粘，变酸，发芽率降低。
⑶穗上芽谷种子多。一般占1-5%，严重时可达10%以上。由于制种时授粉时间长（10-15天），如果成熟期再遇上阴雨天气，田间湿度大，穗上芽谷种子就更多了。芽谷经浸种催芽后，即使发芽，不久也变黄枯死，导致成苗率下降。
⑴谷粒黑粉病粒相对较多导致发芽率降低。由于杂交稻在制种过程中，母本授粉时间长，导致谷粒黑粉病发生较重，一般占5-10%左右，如母本授粉过程中遇到连阴雨天气，则发病率更重，有时达到10-20%。黑粉病粒形似饱满，其实谷壳内部都是病原物黑粉，它不仅本身不能发芽，还严重影响其他正常种子的发芽，导致发芽率降低。
⑵微生物大量积累所致。目前制种过程中，九二○的使用量慢慢的变大，从原来每亩10克增加到现在每亩25克左右，九二○的大量积累，破坏了成熟种子的休眠，导致了种子穗发芽可能性的增加；同时，还使用各种生物制剂来调节花期，以达到高产的目的，所以种子上残留着大量的微生物，这些微生物不同程度威胁着种子的生命。
⑶雨天收割所致。碰到阴雨天，农户抢收种子心切，往往冒雨收割，由于缺少烘干设备，常把湿谷用袋、筐盛装或堆放过夜，等第2天晾晒。这样，很容易使种子被烧死或闷死丧失了生命力。
⑷种子不干所致。由于杂交稻种价格较高，如果遇上减产或收购时间偏迟或种子紧张年份，许多制种户往往翻晒不彻底而使种子水分偏高，这样随着贮藏时间的延长，种子发芽率必然降低。同时，高水分的种子比晒干的种子更容易发生虫霉危害而丧失发芽能力。
⑴浸种时间过长。浸种时间长，供氧不足且有害于人体健康的物质积累多而影响发芽。许多农户至今仍然采用老方法把种子浸2天2夜甚至更长时间，而且不换水不洗种，这样长时间浸种就造成了供氧不足，而且会产生大量有害于人体健康的物质影响种子发芽，从而造成烂种。
⑵催芽方式不当。水稻种子发芽的最适温度为30-35℃，但有些农户仍常用塑料编织袋或薄膜袋包裹种子在太阳下取温催芽。也有用编织袋装种，放在锅里或煤炉上利用余热催芽，由于杂交种子呼吸旺盛，产生的热量多，稍有疏忽，未能及时淋水和翻动种子，非常容易导致温度过高而烧芽。
1、加强大田管理，提高稻种发芽率。在杂交稻制种时要选用抗病品种，特别是抗稻粒黑粉病的不育系，加强对制种田稻粒黑粉病、白叶枯病、稻瘟病、纹枯病的综合防治；九二○的使用量要掌握适当，只要能达到解除不育系包颈的目的即可，要避免盲目使用和过量使用；种子成熟后要及时收获，及时翻晒，收购时要严控种子水分，坚决做到种子水分不达标，不收购，谁收购谁负责。
2、浸种前不提倡，他说：据有关科研部门试验，杂交稻种浸种前晒种，不但不能提高生活力，反而使种子发芽率有下降的趋势，尤其是生活力较差的陈种子晒种后发芽率更是大幅度的降低。这主要是因为种子曝晒后进一步失水，尤其是裂颖种子、青谷种子细胞膜更易破裂，浸种时细胞内含物出入失去控制导致发芽率下降。因此，杂交稻种浸种前建议还是不要晒种，相反，浸种前几天将袋装种子拆封，让其自然回潮吸湿，有利于种子细胞膜的修复，有利于提高发芽率。3、浸种前提倡清水选种。用清水选种可以将漂浮在水面上的不饱满的青谷、秕谷、牙谷和黑粉病谷等捞去，能提高种子的发芽率，如果在种子紧张年份可以将捞去的种子单独浸种催芽，以充分的利用其中能发芽的种子。要淘汰旧的浸种催芽方法，采用日浸夜露或日滤液浸间歇换水的浸种方法。
4、杂交稻种应进行包衣。由于在大田制种过程中，种子带菌很多，通过包衣，可以有效杀灭种子所携带的多种病菌，减少浸种催芽时病菌对种胚的侵染而提高发芽率，同时，还能有效预防或减轻恶苗病、白叶枯病、稻瘟病、稻粒黑粉病的发生。
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